O órgão de mais elevado nível da Fundação é a Junta da Casa de Bragança, composta por sete membros, nomeados por despacho do Ministro das Finanças, sob proposta da Junta, um dos quais indigitado como presidente.

As atribuições da Junta são, fundamentalmente: a definição das linhas gerais de orientação a que se devem subordinar as actividades da Fundação; a designação dos membros do Conselho Administrativo e, de entre eles, escolher o que deve exercer as funções de presidente; e apreciar e fiscalizar as contas anuais de gerência. Para apreciação das contas deverá utilizar os serviços de auditoria de um Revisor Oficial de Contas, conforme estabelecido no Regulamento aprovado por despacho de 3 de Fevereiro de 1986 do Secretário de Estado do Orçamento.

Ao Conselho Administrativo compete a administração corrente da Fundação e a elaboração do relatório e contas de cada exercício, a submeter à apreciação da Junta da Casa de Bragança.

Depois de aprovadas pela Junta, e em consequência da qualificação da Fundação como pessoa colectiva de utilidade pública, as contas são enviadas ao Gabinete do Primeiro Ministro.

Para execução das suas actividades, a Fundação dispõe de diversos Serviços com a seguinte localização:

• Sede: Paço de Massarelos - Estrada da Gibalta, Caxias

• Museu - Biblioteca: Paço Ducal - Terreiro do Paço, Vila Viçosa

• Delegação de Vila Viçosa: Paço do Bispo - Terreiro do Paço, Vila Viçosa

• Delegação de Vendas Novas: Quinta do Pessegueiro, Vendas Novas

• Subdelegação de Ourém: Vilar dos Prazeres, Ourém