Na Fundação encontram-se disponíveis, o Arquivo Histórico da Casa de Bragança, o Arquivo Musical e o Arquivo Fotográfico. Podem ser consultados na sala de leitura, após marcação prévia por escrito.

O Arquivo Histórico da Casa de Bragança, instalado no antigo Paço do Bispo-Deão, em Vila Viçosa - o mais rico arquivo particular do país - é constituído por um conjunto de códices, maços e documentos avulsos num total calculado em cerca de 200 000 peças, cronologicamente situadas entre os fins do século XVI e os finais do século XIX, com excepção de alguns pergaminhos do século XV. O cartório original remonta ao tempo da criação do ducado de Bragança, em 1442, mas essa preciosa documentação até meados do século XVII desapareceu quando do terramoto de 1755.

Na sua maioria o acervo documental hoje existente tem carácter administrativo, contendo preciosas informações sobre as antigas comarcas da Casa de Bragança e seus almoxarifados, que se espalharam desde o Minho e Trás-os -Montes até à Estremadura e Alentejo, assim como todos os registos da chancelaria privativa da casa ducal, dos quais sobressaiem os livros das Mercês do Duque D. Teodósio II (1583-1630), registos que se prolongaram depois até 1834.

	Dos mais distintos dos seus cartorários citam-se o engenheiro Manuel da Maia, o Pe. Manuel António de Ataíde, que lhe sucedeu e, mais tarde, em meados do século passado, Pedro António da Silva Rebelo, que procedeu a uma profunda reforma e reestruração do arquivo, a qual perdurou até à actual organização iniciada em 1949 sob os auspícios da Fundação da Casa de Bragança.
Documento assinado por Damião de Góis

Nos seus princípios, o Arquivo Histórico esteve instalado em Lisboa, sucessivamente no Palácio dos Duques de Bragança, na Praça do Comércio (Entre a Rua Augusta e a Rua do Ouro), Casa do Risco do Arsenal de Marinha, Palácio das Necessidades, Palácio do Rossio, Rua Vítor Cordon, donde transitou em 1945 para o Palácio de Vila Viçosa. Nesta Vila passou ainda por instalações do Castelo, entre 1965 e 1988, data esta em que se transferiu para as actuais dependências.

O extenso conjunto documental distribui-se por sete salas, organizado por séries de entre as quais se destacam as seguintes: Reforma do Cartório (1756), Registo Geral (que integra as Mercês, os Tombos, etc.), Aforamentos, Direitos Extintos, Autos Cíveis, Assinaturas Régias, Administração Geral (de 1834 em diante), D. Fernando II, Delegação de Barcelos, etc., além de uma importante série de avulsos.

Desde o século XVI que a Capela do Paço Ducal foi considerada como Capela Real e, por isso, a música sacra tornou-se uma das peocupações dominantes. No tempo de D. João II, oitavo Duque de Bragança - ele próprio compositor de quem existe obra autógrafa - , mais tarde D. Joáo IV Rei de Portugal, foi grande a importância do estudo e execução deste género musical. Aqui escreveram e tocaram músicos como Roberto Tornar ou João Lourenço Rebelo.

Para Prover ao coro da Capela existiu neste Paço uma escola de pequenos cantores, chamado o Colégio dos Reis Magos, de onde sairam músicos como João de Sousa Carvalho. Este Arquivo tem ainda uma excelente colecção de libretos de ópera dos séculos XVIII e XIX.

Tudo isto concorreu para que o Arquivo Musical se tornasse um dos melhores do nosso País, tal como o comprova o catálogo elaborado pelo Pe. Augusto Alegria em 1989.

Com base nesta obra podem consultar-se todas estas espécies na sala de leitura da Biblioteca.

D. Carlos I era um grande amador de fotografia. Chegou mesmo a tirar um curso com algumas pessoas da alta nobreza. Esse gosto levou-o a fazer inúmeras fotografias das mais variadas situações e factos que presenciava. Assinou revistas temáticas, e.g., "Bulletin de Photographie" desde 1891. Os Príncipes também comungavam desse apreço e tiraram muitas fotografias das suas viagens. Por isso, aqui se encontram dezenas de albuns familiares que retratam as férias em Cascais, as caçadas em Vila Viçosa, uma tourada infantil em Sintra, etc.

Possui este Arquivo muitos exemplares dos mais conceituados fotógrafos da época, que acorriam aos mais diversos eventos e cerimónias oficiais. Existem mais de 10 000 fotografias, incluindo também todas as posteriores a 1910, quer das cerimónias do funeral do Rei D. Manuel II, quer da visita da Rainha D. Amélia a Portugal. Há, também, um núcleo mais recente que documenta as actividades da Fundação, i. e., as visitas, as conferências, os concertos e as cerimónias realizadas no Paço, no Convento dos Agostinhos e no Castelo.

Este acervo pode ser consultado na sala de leitura durante o horário de funcionamento da Biblioteca.